Une lettre d’informations d’Act In Biotech

Un séquenceur d’ADN dans une clé USB

Le britannique Oxford Nanopore annonce la sortie prochaine d’un séquenceur d’ADN miniature, pas plus grand qu’une classique clé USB. Un séquenceur de nouvelle génération, jetable, et qui sera vendu environ 900 dollars.
La course au séquençage du génome « pour tous » se poursuit, avec cette annonce assez spectaculaire de par la taille du système. L’échantillon à analyser est injecté dans le dispositif miniature, qui se connecte ensuite, par un simple port USB, à un ordinateur équipé de logiciels d’analyse du génome.
MinION, c’est son nom, est la version miniaturisée d’une nouvelle technologie de séquençage d’ADN que se prépare à commercialiser Oxford Nanopore. Comme son nom l’indique, la société britannique a mis au point une méthode qui repose sur le passage des brins d’ADN à travers une membrane percée de pores de taille nanométrique.
Chaque nucléotide – élément de base de l’ADN – qui traverse un pore modifie le courant électrique entre les deux compartiments séparés par la membrane. Ce phénomène permet d’identifier le nucléotide, et de « lire » ainsi la séquence d’ADN. Une enzyme, ajoutée dans l’échantillon d’ADN, régule la vitesse de passage de l’ADN dans le pore, pour que la mesure soit possible.
GridION, une version plus grande
L’avantage de cette technique, outre sa rapidité et son absence de réactifs chimiques, est d’analyser directement de longs brins d’ADN, et non des segments dont la séquence est reconstituée ensuite par l’ordinateur : elle est mieux adaptée à la détection des « variants » génétiques, liés à des maladies.
Oxford Nanopore sortira aussi cette année le GridION, instrument de plus grande taille, qui fonctionne avec des cartouches jetables contenant des milliers de nanopores. La première version comprendra 2000 nanopores, mais des cartouches à 8000 nanopores sont attendues pour 2013.

Le système GridION est conçu pour former des clusters – comme des grappes d’ordinateurs- afin d’augmenter sa puissance de traitement. Selon Oxford Nanopore, 20 unités de traitement, chacune comportant 8000 nanopores, pourraient analyser un génome humain en 15 minutes.

Source : Usine nouvelle

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